وقد اعتبر عدد من هؤلاء العلماء محمد علوي مالكي من دعاة الكفر والشرك والضلالة والبدع، مبينين ذلك من خلال مؤلفاته التي نشرها وتداولها مريدوه داخل وخارج أرض الحرمين، ومن بين تلك الكتب التي ردت على أفكارخ ومعتقداته القبورية (جلاء البصائر في الرد على كتابي شفاء الفؤاد والذخائر) لسمير بن خليل المالكي، و (هذه مفاهيمنا) لصالح بن عبد العزيز آل الشيخ، و (جاءوا يركضون) للشيخ أبو بكر الجزائري.
والجفري مع تتلمذه على علماء التصوف ينتمي للاتجاه الصوفي في اليمن، والذي تمثل دار المصطفى بتريم منبعًا له، وليس ببعيد عنهم قبر النبي هود (المزعوم) وما يجري عنده من الطقوس القبورية سنويًا!!
ويرى الجفري أن"التصوف بمعناه الشامل الذي يعني الحركة والفكر والذوق والهمة والمقصد أساس حل مشاكل الأمة"ويشرح التصوف قائلًا:"هو علم من علوم الشريعة الإسلامية، له تأصيله، وألفت كتب باسمه من القرن الثاني الهجري"!! وبحسب زعمه فإن التصوف،"العلم الذي يُعنى بصلاح القلوب"!! أما ما يسميه"البعض تصوفًا من تصرفات وأوضاع خاطئة من بعض الجهلة"على حسب قوله -دون أن يوضح ماهية هذه التصرفات والأوضاع الخاطئة- فهو يبرأ إلى الله منها!!.
لكن من غير المعلوم، إذا كان الجفري صادقًا في تبرئه منها، وهو الذي يحرص على حضور الموالد المقامة في أكثر من بلد إسلامي"ويزور قبر السيدة زينب والسيدة نفيسة والإمام الحسين رضي الله عنهم"بمصر، كما جاء عنه في مجلة الأهرام العربي المصرية!!.