كان القاضي زكريا- رحمه الله تعالى- كثير المؤلفات والشروح، ولم يبق علم من العلوم إلا وصنف فيه ومنها:

أولًا: في التفسير وعلومه:

1 -فتح الجليل ببيان خفي أنوار التنزيل للبيضاوي (وهو المخطوط الذي نحن بصدد تحقيقه) .

2 -فتح الرحمن بكشف ما يلتبس من القرآن، مطبوع في بولاق سنة (1299 هـ) ، وطبع بتحقيق: محمد علي الصابوني بمطبعة عالم الكتب ببيروت 1405 هـ-1985 م.

3 -شرح البسملة، والحمدلة (مخطوط) .

4 -تلخيص كتاب أسئلة القرآن وأجوبتها.

ثانيًا: في أصول الفقه:

1 -حاشية على شرح الجلال المحلي.

2 -حاشية على شرح جمع الجوامع.

3 -شرح منهاج الأصول إلى علم الأصول للبيضاوي.

4 -لب الأصول اختصر فيه جمع الجوامع لتاج الدين السبكي (مطبوع مع غاية الأصول) .

5 -الحدود الأنيقة والتعريفات الدقيقة (محقق ومطبوع) .

6 -غاية الأصول إلى شرح لب الأصول (مطبوع بمصر 1310 هـ) .

ثالثًا: في الفقه:

1 -أدب القاضي على مذهب الشافعي.

2 -فتح الجواد شرح منظومة ابن العماد (مخطوط) .

3 -أسنى الطالب شرح روض الطالب لابن المقري اليمني (مطبوع أربعة أجزاء بمصر(1313 هـ) .

4 -فتح الوهاب لشرح منهج الطلاب (فقه الشافعي) مطبوع في المطبعة الميمنية (1322 هـ) ، في جزأين ومطبوع في دار الكتب العلمية- بيروت- لبنان سنة 1418 هـ-1998 م في جزأين.

5 -شرح مختصر المزني في فروع الفقه الشافعي.

6 -خلاصة الفوائد المحمدية في شرح البجهة الوردية (وهو الشرح الصغير لها) (مخطوط) .

7 -شرح مختصر الروضة في الفروع للنووي.

8 -تحفة الطلاب لشرح تحرير تنقيح اللباب في الفقه الشافعي كلاهما له وضعهما على لباب الفقه لإمام الحرمين الجويني، طبعا في بولاق (1292 هـ) ، وفي المطبعة الميمنية (1331 هـ) .

رابعًا: في العقائد والتوحيد:

1 -فتح الإله الماجد بإيضاح شرح العقائد (مخطوط) .