خان شيبانى، وبعد وفاة أوزبك تحالف بابر مع إسماعيل شاه الصفوى أفلح في الظفر مرة أخرى بفتح ما وراء النهر واحتلال سمرقند، ولكنه اضطر في العام التالى إلى الانسحاب انسحابًا تامًا إلى مملكته الهندية تاركًا الميدان للأوزبكيين ولم تكن سمرقند في عهد الأوزبكيين إلا قصبة بالاسم دون الفعل، ذلك أنها قد تخلفت كثيرًا عن بخارى.
ودخلت سمرقند في مرحلة جديدة بتقدم الروس مجتازين نهر سيحون. ففى الرابع عشر من شهر نوفمبر عام 1868 دخل القائد كاوفمان Kauffmann العاصمة التيمورية القديمة، وكانت في ذلك الوقت في أيدى مظفر الدين (1860 - 1885 م) أمير بخارى. وقد قامت منذ عام 1871 مدينة روسية جديدة إلى الغرب من مدينة سمرقند ربطت بالسكة الحديدية مع الخط الحديدى الخاص ببلاد ما وراء بحر قزوين Transcapian railway. وجددت القلعة عام 1882, وبلغ عدد سكان المدينة سنة, 1890، حوالى 85 ألف نسمة. وليس لدينا معلومات موثوق بها عما حدث من تغيرات منذ عام 1917. ومن المؤسف أنه تنقصنا أيضًا الأوصاف التاريخية الدقيقة الكاملة لآثار العمارة هناك، ومن ثم لا نستطيع أن نذكر أى ثبت بها في هذه المادة (انظر W.Barthold: Die geogr. u hist Erforschung d. Orients ص 173، 179) .