وخراسان ثم سار إبراهيم بالعساكر نحو الكوفة فنزل بباخمري قريباً من الكوفة وكان قد أشار عليه أهل البصرة أن لا يخرج منها فقال له وفد أهل الكوفة إن بالكوفة مئة ألف ينتظرون قدومك فإذا رأوك ماتوا دونك فقدم بهذا الطمع فلما نزل بباخمري خرج ليلة يطوف في عسكره فسمع أصواب الغناء والطنابير فقال ما أظن أن عسكراً فيه هذا ينتصر ثم جهز أبو جعفر عيسى بن موسى لقتال إبراهيم في خمسة آلاف فقيل له بيت عيسى فقال أكره التبييت فقيل له تطلب الملك وتكره القتل ثم التقوا بباخمري قال الشعبي وهي ستة عشر فرسخاً من الكوفة فانهزم أصحاب أبو جعفر إلا عيسى بن موسى ثبت في مئة رجل من أهله وخواصه وظهر الظفر لإبراهيم فبينما هو في المعركة إذ جاء سهم غائر لا يدري من أين هو؟ فذبحه فوقع يقول {وكان أمر الله قدراً مقدوراً} أردنا أمراً وأراد الله غيره وانهزم أصحابه وجاءه أصحاب عيسى فجزوا رأسه وأتوا به عيسى فسجد ثم بعثه إلى أبي جعفر وكان قتله يوم الاثنين لخمس ليال بقين من ذي القعدة من هذه السنة وكان سنه يوم قتل ثمانية وأربعين سنة وكان مدة مقامه منذ خرج إلى أن قتل ثلاثة أشهر إلا خمسة أيام فلما أتي برأس إبراهيم إلى أبي جعفر بكى حتى جرت دموعه على خد إبراهيم ثم قال أما والله لقد كنت كارهاً لهذا ثم نصبيه بالكوفة ثم قال للربيع احمله إلى أبيه عبد الله إلى السجن فحمله الربيع فوافاه فإذا عبد الله يصلي فقال له أسرع فأسرع وسلم فنظر إلى الرأس فأخذه فوضعه في حجرة ثم قال رحمك الله أبا القاسم وأهلاً بك وسهلاً لقد وفيت بعهد الله وميثاقه فقال الربيع يكف كان أبو القاسم في نفسك فقال كما قيل:

فتى كان يحميه من الذل سيفه ...ويكفيه سوءات الذنوب اجتنابها

ثم قال للربيع قل لصاحبك قد مضى من بؤسنا أيام ومن نعيمك