اختلفوا فيها على ثلاثة أقوال أحدها: أنه توفي سنة سبع عشرة ومئة ذكره الواقدي، والثاني: سنة أربع عشرة ومئة قاله الفضل بن دكين والثالث: سنة ثماني عشرة واختلفوا في سنه أيضاً على ثلاثة أقوال أحدها: ثمان وخمسون والثاني سبع وخمسون والثالث ثلاث وسبعون والأول أشهر لما روينا في سن أمير المؤمنين علي عليه السلام فإن محمداً هذا روى أن علياً قتل وهو ابن ثمان وخمسين سنة قال ومات لها الحسن وقتل لها الحسين ومات لها علي بن الحسين، قال جعفر بن محمد هذا وسمعت أبي يقول لعمته فاطمة بنت الحسين أم عبد الله بن حسن قد أتت علي ثمان وخمسون فتوفي لها وأوصى أن يكفن في قميصه الذي كان يتعبد فيه ودفن بالبقيع عند أبيه أسند محمد الحديث عن جماعة من الصحابة جابر بن عبد الله وأبي سعيد وابن عباس وأنس وأبي هريرة والحسن والحسين وروى عن خلق من التابعين منهم سعيد بن المسيب والأئمة، ومن العجائب ثلاثة أنفس كانوا في زمن واحد وهم علماء أشراف بنو أعمام كل واحد منهم اسمه علي وله ولد اسمه محمد فعلي بن الحسين زين العابدين ولده محمد هذا المذكور وعلي بن عبد الله بن عباس ولده محمد أبو الخلفاء وعلي بن عبد الله بن جعفر ولده محمد.
كان له جعفر وعبد الله أمهما أم فروة بنت القاسم بن محمد بن أبي بكر الصديق وإبراهيم وأمه أم حكيم بنت أسد بن المغيرة بن الأخنس بن شريق وعلي وزينب أمهما أم ولد وأم سلمة ولد أيضاً والنسل لجعفر.
هو جعفر بن محمد بن علي بن الحسين بن علي بن أبي طالب عليه السلام وكنيته