1 -عدم وجود مقدمة في الكتاب، ممّا جعل هناك صعوبة في فهم منهجه.

2 -اختصاره في بعض المواضع إلى حدّ الإخلال، وتوسّعه في مواضع أخرى إلى حدّ الإطالة المملّة.

3 -أورد كثيرا من الأحاديث الضعيفة والموضوعة، ولم ينبّه عليها، خاصّة ما يتعلّق بأسباب النزول.

4 -ذكره للإسرائيليات بشكل كبير، ممّا أخرج الكتاب، في بعض الأحيان، من كونه تفسيرا إلى كتاب تاريخي، أو كتاب قصص.

5 -إقلاله من ذكر المصنّفات التي أخذ عنها، والاكتفاء بذكر اسم من ينقل عنه من المفسرين والنحويّين واللغويّين وغيرهم، وأحيانا لا يذكر حتى اسم من يأخذ عنه.

6 -عدم اهتمامه بالقراءات القرآنية.