وفي قبلة المسجد المقصورة العظمى التي يؤم فيها إمام الشافعية وفي الركن الشرقي منها إزاء المحراب خزانة كبيرة فيها المصحف الكريم الذي وجهه أمير المؤمنين عثمان بن عفان رضي الله عنه إلى الشام وتفتح تلك الخزانة كل يوم جمعة بعد الصلاة فيزدحم الناس على لثم ذلك المصحف الكريم وهنالك يحلف الناس غرماءهم ومن ادعوا عليه شيئا وعن يسار المقصورة محراب الصحابة ويذكر أهل التاريخ أنه أول محراب وضع في الإسلام وفيه يؤم المالكية وعن يمين المقصورة محراب الحنفية وفيه يؤم إمامهم ويليه محراب الحنابلة وفيه يؤم إمامهم
ولهذا المسجد ثلاث صوامع إحداها بشرقيه وهي من بناء الروم وبابها داخل المسجد وبأسفلها مطهرة وبيوت للوضوء يغتسل فيه المعتكفون والملتزمون للمسجد ويتوضئون والصومعة الثانية بغربية وهي من بناء الروم والصومعة الثالثة بشماله وهي من بناء المسلمين وعدد المؤذنين به سبعون مؤذنا وفي شرقي المسجد صومعة كبيرة فيها صهريج ماء وهي لطائفة زيالعة السودان
وفي وسط المسجد قبر زكريا عليه السلام وعليه تابوت معترض بين اسطوانتين مكسو بثوب حرير أسود معلم فيه مكتوب بالأبيض يا زكريا إنا نبشرك بغلام اسمه يحيى
هذا المسجد شهير الفضل وقرأت في فضائل دمشق عن سفيان الثوري أن الصلاة في مسجد دمشق بثلاثين ألف صلاة وفي الأثر عن النبي صلى الله عليه وسلم أنه قال يعبد الله فيه بعد خراب الدنيا أربعين سنة ويقال أن الجدار القبلي منه وضعه نبي الله هود عليه السلام وأن قبره به وقد رأيت على مقربة من مدينة ظفار باليمن بموضع يقال له الاحقاف بنية فيها قبر