لقد أدّى تدمير التسلسل القيادي للقاعدة في أفغانستان إلى نزول الحركة تحت الأرض، وإلى بدء تحولها إلى الشبكة الفضفاضة التي تقوم على قاعدةٍ أيديولوجية، والتي نراها اليوم. هذا التحول يجعل من الصعب جدًا تَتَبُّعَ الحركة، ولكنه يثير مشاكل الوكالة بطريقةٍ خطيرة نتيجةً لغياب الهيكل القيادي التقليدي. وبوجهٍ خاص، للعملاء الذين يتعرضون إلى الضغط بواسطة المتطلبات العملياتية الشديدة، كما هو الحال في العراق، من المحتمل أن نرى التوتر بين المفكرين الأيديولوجيين المركزيين والقادة العملياتيين على الأرض.
عدم رغبة الزرقاوي قبول التوجيهات ليست الشيء الوحيد الذي تقدمه الدروس المستفادة من الوثيقة رقم AFGP-2002 - 600080، فيما يتعلَّق بمنظمة الزرقاوي. تنظيم القاعدة في بلاد الرافدين الذي يترأسه الزرقاوي، يشبه إلى حدٍ كبير الطليعة المقاتلة في سورية. كلاهما متطرفان، حتى لو قارناهم بأقرانهم الإسلاميين العسكريين، والمكونات الصغيرة نسبيًا للتمرد متعددة الأوجه. يُقارن الجدول 1، أخطاء الطليعة المقاتلة التي توضحها الوثيقة AFGP-2002 - 600080، بأداء الزرقاوي في قضايا مماثلة.
جدول 1: مقارنة بين الطليعة المقاتلة في سورية والزرقاوي في العراق
الطليعة المقاتلة ... الزرقاوي
عدم وجود تخطيط استراتيجي مُسبَق ... تَحسُّن. على الرغم من معرفة القليل عن استعداد الزرقاوي للجهاد في العراق، فإن معسكره التدريبي في هيرات، والعلاقة مع العاملين من الإخوان المسلمين السوريين السابقين ووثائق التخطيط المُفَصّلة تُشير إلى تخطيطٍ استراتيجيٍّ ناجح.
انعدام الإعلام والذراع السياسي ... تَحسُّن كبير. الزرقاوي يملك إعلام متطور ومنظمات أيديولوجية.
عدم وجود سعور واضح حول الغرض والأهداف ... تَحسُّن. على الرغم من عدم الارتباط بنتائج سياسية مُعيَّنة، أعدَّ الزرقاوي مجموعةً واضحةً من الأهداف الاستراتيجية تقوم بصورةٍ كبيرة على تنقية عمل وأداء الإسلام السُنّي.
انعدام التعاون المركزي في العمليات العسكرية ... تَحسُّن. ساعدت ثورة المعلومات على هذا الأمر. في بعض الأحيان، أبدى الزرقاوي القدرة على القيام