عايش الدكتور أيمن فترة الانفراج السياسي الذي استهل به السادات عهده، ونشط التيار الإسلامي في الجامعات بصورة ملحوظة حتى أصبح قادة طلاب الجامعات المصرية في تلك الفترة رموز العمل الإسلامي في الوقت الراهن.

ينتمي الدكتور أيمن إلى ذلك الفصيل من التيار الإسلامي الذي يوصف في وسائل الإعلام بالمتطرف؛ فهو يؤمن (أن الحكام الحاكمين لبلاد المسلمين بغير ما أنزل الله بالقوانين الوضعية هم كفار مرتدون يجب الخروج عليهم وجهادهم وخلعهم ونصب حاكم مسلم، وأن الديمقراطية التي اتخذتها الحكومات المختلفة منهجًا سياسيًّا لها ديمقراطية كافرة وبالتالي فإن موالاتهم واتباع أهوائهم حرام) ، ويعلم الدكتور أيمن أن المقاومة المسلحة لهذه الحكومات هو جهاد في سبيل الله، وينتقد الجماعات الإسلامية الأخرى التي تتبنى الطرق السلمية في التعبير، ويعتبر الدكتور عمر عبد الرحمن المسجون حاليًّا في الولايات المتحدة على خلفية تفجير مركز التجارة العالمي عام 1993 م زعيمًا روحيًّا لهذا التيار.

كان أول ظهور للدكتور أيمن على المستوى الإعلامي عقب أحداث اغتيال الرئيس المصري السابق محمد أنور السادات في السادس من أكتوبر/ تشرين الأول 1981 م والتي اتهم فيها تنظيم الجهاد، وقد حُكم عليه في تلك القضية بثلاث سنوات لحيازته سلاحًا غير مرخص.

بعد الإفراج عنه سافر إلى عدة دول مثل الولايات المتحدة الأمريكية والمملكة العربية السعودية وباكستان والسودان قبل أن يستقر به المقام في أفغانستان.

شارك الدكتور أيمن عام 1985 م كطبيب جراح في مستشفى الهلال الأحمر الكويتي لعلاج المصابين من جراء الحرب الأفغانية السوفيتية من خلال مستشفى أقيمت لهذا الغرض في بيشاور على الحدود الأفغانية الباكستانية، ثم في مراحل لاحقة من الحرب بدأ يدخل إلى الخطوط الأمامية للقتال ليمارس عمله في تطبيب الجرحى في مستشفيات ميدانية من داخل أفغانستان، وهناك تعرف على زعيم تنظيم القاعدة الشيخ أسامة بن لادن الذي أصبح حليفًا له فيما بعد.