المحذوف متعلق بـ {أَكُونَ} .
{فَكَذَّبُوهُ فَنَجَّيْنَاهُ وَمَنْ مَعَهُ فِي الْفُلْكِ وَجَعَلْنَاهُمْ خَلَائِفَ وَأَغْرَقْنَا الَّذِينَ كَذَّبُوا بِآيَاتِنَا فَانْظُرْ كَيْفَ كَانَ عَاقِبَةُ الْمُنْذَرِينَ} .
{فَكَذَّبُوهُ} : الفاء: عاطفة {كذبوه} فعل وفاعل ومفعول، والجملة الفعلية في محل الجر معطوفة على جملة {قَالَ} على كونها مضافًا لـ {إذْ} {فَنَجَّيْنَاهُ} الفاء، عاطفة {نجيناه} : فعل وفاعل ومفعول معطوف على {كَذَّبُواْ} {وَمَنْ مَعَهُ} الواو: عاطفة {مَنْ} : اسم موصول في محل النصب، معطوف على مفعول {نجيناه} {مَعَهُ} : ظرف ومضاف إليه صلة من الموصولة {فِي الْفُلْكِ} جار ومجرور متعلق بـ {نجيناه} {وَجَعَلْنَاهُمْ خَلَائِفَ} فعل وفاعل ومفعولان معطوف على {نجيناه} {وَأَغْرَقْنَا الَّذِينَ} : فعل وفاعل ومفعول، والجملة معطوفة أيضًا على جملة {فَنَجَّيْنَاهُ} {كَذَّبوُاْ} فعل وفاعل صلة الموصول {بِآيَاتِنَا} جار ومجرور، ومضاف إليه متعلق به {فَانْظُرْ} الفاء عاطفة {انظر} : فعل أمر، وفاعله ضمير يعود على محمَّد، والجملة معطوفة على جملة {أَغْرَقْنَا} {كَيْفَ} اسم استفهام في محل النصب خبر {كَانَ} مقدم عليها، معلق للنظر عن العمل فيما بعده {كَانَ عَاقِبَةُ الْمُنْذَرِينَ} : فعل ناقص واسمه، ومضاف إليه، وجملة {كَانَ} في محل النصب سادة مسد مفعول انظر علقت عنها باسم الاستفهام.
{ثُمَّ بَعَثْنَا مِنْ بَعْدِهِ رُسُلًا إِلَى قَوْمِهِمْ فَجَاءُوهُمْ بِالْبَيِّنَاتِ فَمَا كَانُوا لِيُؤْمِنُوا بِمَا كَذَّبُوا بِهِ مِنْ قَبْلُ كَذَلِكَ نَطْبَعُ عَلَى قُلُوبِ الْمُعْتَدِينَ} .
{ثُمَّ} : حرف عطف {بَعَثْنَا} فعل وفاعل معطوف على قوله: {فَنَجَّيْنَاهُ وَمَنْ مَعَهُ} {مِنْ بَعْدِهِ} : جار ومجرور متعلق بـ {بَعَثْنَا رُسُلًا} مفعول به {إِلَى قَوْمِهِمْ} جار ومجرور، ومضاف إليه متعلق بـ {بَعَثْنَا} {فَجَاءُوهُمْ} : فعل وفاعل ومفعول معطوف على {بَعَثْنَا} {بِالْبَيِّنَاتِ} : متعلق بـ {جَاءُ} {فَمَا كَانُوا} الفاء: عاطفة {ما} : نافية. {كَانُوا} : فعل ناقص واسمه {لِيُؤْمِنُوا} اللام: حرف جر وجحود {يؤمنوا} : فعل وفاعل منصوب بأن مضمرة وجوبًا بعد لام الجحود.