مكانة كبيرة عند الخليفة، وسرعان ما وقع/ نزاع بين العالمين. ولما رأى الشافعى أن الوقت لم يحن بعد ليقف موقف المعارض لآراء الشيبانى ترك بغداد سنة 188 هـ/ 804 م وذهب عن طريق حرّان والشام إلى مصر. وقد استقبل والى مصر الشافعى في مصر باعتباره تلميذا لمالك آنذاك، ولكنه اضطرّ سنة 195 هـ/ 810 م أن يهاجر من مصر إلى بغداد، وفى بغداد اشتغل بالتدريس ونجح في ذلك نجاحا كبيرا.
وفى سنة 198 هـ/ 814 م عاد الشافعى إلى مصر مرة أخرى بصحبة عبد الله بن موسى- ابن والى مصر الجديد- وكان يقدر الشافعى ويحترمه كثيرا. وقام الشافعى سنة 200 هـ/ 815 م بالحج إلى مكة ثم عاد إلى مصر، وتوفى بالفسطاط سنة 204/ 820 ودفن في مقبرة في سفح جبل المقطم.
وعلى العكس من أبى حنيفة ومالك فقد عدّ الشافعى نفسه مؤسسا لمذهب جديد. وكان يقف جامعا بين مذاهب «الرأى» عند أبى حنيفة. ومذهب أهل الحديث عند مالك. ويعد الشافعى مؤسس علم «أصول الفقه» وأعطى «للرأى» مجاله في حدود معينة بتمسكه بمبدأ «القياس» .
الجرح والتعديل لابن أبى حاتم 3/ 2/ 201 - 204، الفهرست لابن النديم 209 - 210، حلية الأولياء لأبى نعيم 9/ 63 - 161، طبقات الشافعية للعبّادى 6 - 7، طبقات الفقهاء للشيرازى 48 - 50، تاريخ بغداد للخطيب 2/ 56 - 73، الانتقاء لابن عبد البر 65 - 121، وفيات الأعيان لابن خلكان 1/ 565 - 568، الإرشاد لياقوت (لندن) 6/ 367 - 398، (القاهرة) 17/ 281 - 327، طبقات الحنابلة لابن أبى يعلى 1/ 280 - 284، اللباب لابن الأثير 2/ 5، تذكرة الحفاظ للذهبى 361 - 363، الوافى بالوفيات للصفدى 2/ 171 - 181، الديباج لابن فرحون 227 - 230، غاية النهاية لابن الجزرى 2/ 95 - 98، التهذيب لابن حجر 9/ 25 - 31، طبقات الشافعية للسبكى 1/ 172 - 175، البداية والنهاية لابن كثير 10/ 251 - 254، طبقات الشافعية لابن هداية الله 2/ 2، شذرات الذهب لابن العماد 2/ 9 - 11، مرآة الجنان لليافعى 2/ 13 - 28، النجوم الزاهرة لابن تغرى بردى 2/ 176 - 177، هنفنج