المجاهدين في بيت المقدس صارحوه أن وضع غزة لا يحتمل هذا العدد الكبير من المجاهدين، وأشاروا عليه بالنفير لأفغانستان والتي كان يملك مفاتيح طريقها في ذلك الوقت.

استقر الأمر على أفغانستان، وبدأ الحبيب يعد للرحلة من خلال جمع وتحضير اللازم، وخلال فترة الإعداد كان لأبي قندهار أن يسر الله له إيصال عدد من الإخوة إلى ساحات الجهاد، وأصبح بمثابة المنسق الأول للمهاجرين العرب إلى بلاد خراسان، وبعد رحلة طويلة شاقة لسنا بمعرض سرد تفاصيلها، وصل هيثم إلى وزيرستان بداية شهر شعبان لعام 1430 هـ.

انخرط الأخ في صفوف المجاهدين وبدأ يتلقى عدد من دورات الإعداد البدني والعسكري التي تؤهله كمقاتل، ورغم أن الفترة التي عاشها في أفغانستان لم تكن طويلة، إلا أنه التقى هناك بعدد كبير من أعلام ومشايخ الجهاد، نتذكر منهم الشهيد الشيخ مصطفى أبي اليزيد، والأخ المجاهد أبي دجانة الخراساني تقبلهما الله.

كان رحمه الله في أيامه الأخيرة كثير الحديث عن الشهادة والشهداء، متأثرًا بفراقه لأكثر من ثلاثمائة من الإخوة خلال عام واحد، كما حرص رحمه الله على تحريض الإخوة خارج ساحة أفغانستان على النفير لليمن.

استشهد رحمه الله بعد مسيرة طويلة من الدعوة والجهاد اثر قصف طائرات الاستطلاع الصليبية له هو ومجموعة من إخوانه.

فلله درك ياهيثم وعلى الله أجرك و والله لئن سُئلنا لنصدقن وإن استشهدنا لنشهدن بأنك كنت فارسا ًمن فرسان هذه الأمّة نحسبك والله حسيبك فسلامًا إليك في الخالدين