وفي روايات أهل البيت عليهم السّلام ما يوافق رأي السيوطي فقد روى الصدوق (ت 381هـ) في أن سمرة بن جندب وعمران بن حصين تذاكرا فحدث سمرة أنه حفظ عن رسول الله صلّى الله عليه وآله وسلّم سكتتين سكتة إذا كبّر وسكتة إذا فرغ من قراءته عند ركوعه، ثم إن قتادة ذكر السكتة الأخيرة إذا فرغ من قراءة غير المغضوب عليهم ولا الضالين: أي حفظ ذلك سمرة وأنكره عليه عمران بن حصين، قال: فكتبا في ذلك إلى أبي بن كعب وكان في كتابه إليهما أوفى ردّه عليهما أن سمرة قد حفظ» [البحار 85، 27] .

وهذا يعني أن تحديد الآيات كان بقراءة النبي صلّى الله عليه وآله وسلّم وأن السكتة هي العلامة لنهاية الآيات ومن ثم اختلف صحابيان في سكتة النبي في الفاتحة وحكّما أبي بن كعب في ذلك (وعليه) السكتات استبدلت بالأرقام في عصرنا. وهذا لا ينطبق على ما هو معمول به اليوم في المصحف في تحديد الآيات. وقد اتفق الكل على أن أطول آية في القرآن هي آية الدين [البقرة: 282] مع أن الآية (283) التي تليها من نفس الموضوع ولم تلحق بها. وهي على طولها البالغ 15سطرا لم تقطّع إلى آيات لسكتة في القراءة فيها فلا محيص من القول بأنه لا مقياس لتحديد الآية بالعدد لأن الترقيم لم يكن مقصودا بالوحي. إذ ليس المقصود من الوحي سوى العمل بالمفاهيم القرآنية من دون أي اعتبار للعدد.

واختلفت كلمة الفقهاء والقراء في عدّ البسملة آية بعد اتفاقهم على عدّها آية في سورة الفاتحة دون غيرها، ومذهب أهل البيت على عدّها آية من كل سورة ما عدا البراءة. ونتج هذا الخلاف الفقهي على زيادة عد 113آية أو نقصانها، وهو خلاف نظري إذ أن النص القرآن اليوم يحتوي على البسملة في كل سورة ما عدا البراءة.

قال النجفي: «ان البسملة آية منها [الفاتحة] ومن كل سورة عدا براءة، وأنه (تجب قراءتها معها) سيما والفاتحة باعتبار وجوب قراءتها في الصلاة تتوفر الدواعي إلى معرفة ذلك فيها، فقول القراء حينئذ بخروج البسامل من القرآن كقولهم بخروج المعوذتين منه أقوى شاهد على أن قراءتهم مذاهب لهم، لا أنه قد تواتر إليهم ذلك، وكيف والمشهور بين أصحابنا بل لا خلاف فيه بينهم كما عن المعتبر كونها آية من الفاتحة، بل عن المنتهى أنه مذهب أهل البيت، بل النصوص مستفيضة فيه إن لم تكن متواترة كالإجماعات على ذلك، بل وعلى جزئيتها من كل سورة، والنصوص دالة عليه أيضا وإن لم يكن بتلك الكثرة والدلالة في الفاتحة» [الجواهر 9، 297] .

قال الداني (ت 444هـ) : «اجمعوا على أن عدد الآيات في القرآن ستة آلاف ومائة آية ثم اختلفوا فيما زاد» [الاتقان 1، 67] .

قال ابن عطية: «وذكر أن الحجاج بن يوسف جمع القراء والكتبة فعدّوا له جميع آيات القرآن وكلامه وحروفه فبلغ ستة آلاف ومائتين وعشرين آية. وقيل: بل وجده ستة آلاف آية ومائتي آية وأربع آيات» [مقدمتان، 250] .

وأيضا: وأمّا عدد الآي: فروي عن ابن مسعود قال: آيات القرآن ستة ألف ومائتان وثماني عشرة آية. وحروفها ثلاث مائة ألف حرف وستمائة حرف وتسعون حرفا. فلتالي القرآن بكل حرف منها عشر حسنات.