وقد تزوج الرفاعي العديد من النساء ولكنه لم يعقب، ولذلك خلفه على المشيخة من بعده علي بن عثمان ت 584 هثم خلفه عبد الرحيم بن عثمان ت 604 ه، ولأتباعه أحوال وأمور غريبة ذكرها الحافظ الذهبي ثم قال: (( لكن أصحابه فيهم الجيد والرديء ) )، و جماعته يستخدمون السيوف ودخول النيران في إثبات الكرامات، قال عنهم الشيخ الآلوسي في غاية الأماني في الرد على النبهاني: (( وأعظم الناس بلاء في هذا العصر على الدين والدولة: مبتدعة الرفاعية، فلا تجد بدعة إلا ومنهم مصدرها وعنهم موردها ومأخذها، فذكرهم عبارة عن رقص وغناء والتجاء إلى غير الله وعبادة مشايخهم. وأعمالهم عبارة عن مسك الحيات ) )1/ 370.
ثم ظهرت الطريقة الشاذلية على يد أبي الحسن الشاذلي 593 - 656 ه: صاحب ابن عربي مراحل الطلب -طلب العلم - ولكنهما افترقا حيث فضّل أبوالحسن مدرسة الغزالي في الكشف بينما فضل ابن عربي مدرسة الحلاج وذي النون المصري، وقد أصبح لكلتا المدرستين أنصارهما إلى الآن داخل طرق الصوفية، مع ما قد تختلط عند بعضهم المفاهيم فيهما، ومن أشهر تلاميذ مدرسة الشاذلي أبوالعباس ت 686 ه، وإبراهيم الدسوقي، وأحمد البدوي الذي تنسب إليه البدوية، وكان قدولد بفاس، واستقر في طنطا حتى وفاته، وله فيها ضريح مقصود، حيث يقام له كغيره من أولياء الصوفية احتفال بمولده سنويًا يمارس فيه الكثير من البدع والانحرافات العقدية من دعاء واستغاثة وتبرك وتوسل مما يؤدي إلى الشرك المخرج من الملة. وأتباع طريقته منتشرون في بعض محافظات مصر، ويلاحظ على أصحاب هذه المدرسة إلى اليوم كثرة اعتذارها وتأويلها لكلام ابن عربي ومدرسته.
وفي القرن السابع ظهر أيضًا جلال الدين الرومي صاحب الطريقة المولوية بتركيا ت 672 ه. ... ،ثم أصبح القرن الثامن والتاسع الهجري ما هو إلا تفريع وشرح لكتب ابن عربي وابن الفارض وغيرهما، ولم تظهر فيه نظريات جديدة في التصوف. ومن أبرز سمات القرن التاسع هو اختلاط أفكار كلتا المدرستين. وفي هذا القرن ظهر محمد بهاء الدين النقشبندي مؤسس الطريقة النقشبندية ت 791 ه، ثم ظهرت التيجانية أتباع أحمد بن محمد بن مختار التيجاني المولود سنة 1150 هـ ومن مفتريات تلك الطريقة ابتداعهم ذكرًا مبتدعًا يسمى صلاة الفاتح وجعلهم قراءته أفضل من قراءة القرآن الكريم ستين ألف مرة وهذا الذكر هو:"اللهم صل على سيدنا محمد الفاتح لما أغلق، والخاتم لما سبق، ناصر الحق بالحق، الهادي إلى صراطك المستقيم، وعلى آله حق قدره ومقداره العظيم".
ثم في القرون التالية اختلط الأمر على الصوفية، وانتشرت الفوضى بينهم، واختلطت فيهم أفكار كلتا المدرستين وبدأت مرحلة الدراويش.