3 -حصل في كثير من الأحيان تفاوت بين النسخ في إثبات الجملة القرآنية التي فيها القراءة، فقد تذكر بعض النسخ كلمة أو كلمتين وبعضها يزيد على ذلك، فأثبت الأتمّ دون إشارة.

4 -إذا وجدت في إحدى النسخ كلمة أو جملة وكان السياق يحتاج إليها أثبتها وأشير إلى النسخة التي زادتها بأن أقول مثلا: (زيادة من: ل) وقد أعبر عن ذلك بطريقة أخرى فأقول: (ساقطة من:(ك، ق، ط) أو ساقطة من بقية النسخ وإن كان السياق يقبلها فأكتفي بعبارة: (زيادة من: ك) .

5 -إذا انفردت النسخة الأصلية بكلمة أو عبارة يقبلها السياق أو يحتاج إليها أشرت إلى ذلك بعبارة: (ساقطة من بقية النسخ) أو (ساقطة من: ك، ط، ق) .

6 -إذا اتفقت النسخ جميعا على خطأ. وهذا نادر رجعت إلى كتب القراءات وخصوصا النشر في القراءات العشر ومصطلح الإشارات في القراءات الست الزوائد، وإيضاح الرموز ومفتاح الكنوز في القراءات الأربع عشرة وإتحاف فضلاء البشر في القراءات الأربع عشر، فأثبتّ الصواب من هذه الكتب أو غيرها في المتن وأشرت في الحاشية إلى ما ورد في النسخ المخطوطة.

7 -قد يقع الاختلاف بين النسخ بتقديم كلمة أو تأخيرها، فأثبت ما في الأصل وأشير إلى الخلاف في النسخ الأخرى. وإذا كانت عبارة النسخ الأخرى أكثر موافقة للصواب أثبتها.

8 -هناك ثلاث نسخ لم أثبت خلافها إلا في مواضع الضرورة والحاجة وهي النسخ المرموز لها ب (ن، ص، ع) وسبب ذلك أن النسخة (ص) غير واضحة الخطّ وفيها طمس في مواضع كثيرة وتشوّه ناتج عن التصوير.

والنسخة (ن) مع أنها جميلة الخطّ واضحة العبارة لكنها مليئة بالأخطاء اللغوية والإملائية، وفي النسخة (ع) أخطاء كثيرة أيضا. لذا جعلت هذه النسخ الثلاث نسخا ثانوية أقابل عليها ما أمكن دون إثبات اختلافاتها وقد أشير إليها إذا اختلفت النسخ في أمر مهم. كتسمية علم. مثلا.