ويقال: إن قبر النبي صلى الله عليه وسلم في البيت مما يلي القبلة، وأبو بكر من خلف رأسه بحذاء كتفي النبي صلى الله عليه وسلم، وعمر خلف رأسه بحذاء كتفي أبي بكر رضي الله عنهما، وقيل: غير هذا، والأول أثبت.
وبقي في البيت موضع قبر آخر دفن فيه عيسى بن مريم صلى الله على نبينا وعليه وعلى جميع النبيين والمرسلين وسلم تسليما.