هذا وقد استندت في تحقيق كتاب الطبقات الكبير إلى المخطوطات الآتية مع مقارنتها بأهم المصادر المتعلقة بموضوع النص:
أولًا: نسخه مكتبة أحمد الثالث برقم 2835، كتبت في القرن السابع بخط نسخ مشكول وقرئت أو عورضت على شرف الدين الدمياطى وقد رمزت إليها بالأصل وأحيانًا بالحرف (ث) ، وتشتمل هذه النسخة على الأجزاء الآتية:
الأول: ويبتدئ بذكر من انتمى إليه رسول اللَّه -صلى اللَّه عليه وسلم- وينتهى بفصل في ذكر ما كان يعاف رسول اللَّه -صلى اللَّه عليه وسلم- ويقع في 260 ورقة.
والجزء الثالث: من ذكر سد الأبواب غير باب أبى بكر إلى آخر صفة أبى بكر رضى اللَّه عنه، ويقع في 247 ورقة.
والجزء الرابع: أوله ذكر وَصِيَّة أبى بكر رضى اللَّه عنه، وآخره ترجمة حبيب ابن سعد، ويقع في 266 ورقة.
والجزء الخامس: أوله بشر بن البراء، وآخره طلحة بن عتبة، ويقع في 267 ورقة.
والجزء السادس: يبتدئ بأثناء الطبقة الثانية وأول ما فيه ترجمة حارثة بن سهل، وينتهى أثناء ترجمة زيد بن ثابت، ويقع في 273 ورقة.
والجزء السابع: وأوله ترجمى قيس بن قهد، وآخره ترجمة تمام بن العباس بن عبد المطلب، ويقع في 367 ورقة.
والجزء الثامن: أوله ترجمة الحسن بن على بن أبى طالب، وآخره ترجمة الوليد بن الوليد، ويقع في 266 ورقة.
والجزء التاسع: أوله الطبقة الثانية من أهل المدينة من التابعين، وأولها عروة ابن الزبير، وآخره عبد اللَّه بن عبد الرحمن بن القاسم بن محمد بن أبى بكر الصديق، وهو آخر الطبقة السادسة، ويقع في 266 ورقة.
الجزء الحادى عشر: يبتدئ بترجمة محمد بن عبد الرحمن بن أبى ليلى من