مكة والمدينة، وبغداد وواسط، والبصرة والكوفة، ودمشق وحمص، وقيسارية وعسقلان، وخراسان، ونيسابور ومرو، وهراة وبخارى، ومصر، وغيرها.
قال الإمام الترمذي ﵀ صاحب "السنن" وتلميذ البخاري وخريجه: "لم أر أحدًا بالعراق ولا بخراسان في معنى العلل والتاريخ ومعرفة الأسانيد أعلم من محمد بن إسماعيل".
وقال محمد بن أبي حاتم: "سمعت محمود بن النضر أبا سهل الشافعي يقول: دخلت البصرة والشام والحجاز والكوفة، ورأيت علماءها كلها، فكلما جرى ذكر محمد بن إسماعيل فضلوه على أنفسهم".
وقال خلف بن محمد: "سمعت أبا عمرو أحمد بن نصر الخفاف يقول: حدثنا محمد بن إسماعيل البخاري التقي النقي العالم الذي لم أر مثله".