وهو أخو إسحاق وموسى وعلي بني جعفر. حَدَّثَ عَن أبيه.
رَوَى عنه إبراهيم بن المنذر الخزامي وعتيق بن يعقوب الزبيري ويعقوب بن حميد بن كاسب، ومُحَمد بن منصور الجواز، ومُحَمد بن يَحيَى بن أبي عمر العدني.
وكان محمد بن جعفر قد خرج بمكة في أيام المأمون ودعا إلى نفسه فبايعه أهل الحجاز بالخلافة وهو أول من بايعوا له من ولد علي بن أبي طالب وذلك في سنة مائتين فحج بالناس أَبو إسحاق المعتصم وبعث إليه من حاربه وقبض عليه أورده بغداد في صحبته والمأمون إذ ذاك بخراسان فوجه به إليه فعفا عنه ولم يمكث إلا يسيرا حتى توفي عنده.
أخبرنا الحسن بن أبي بكر قال: أَخبَرنا أَبو محمد الحسين بن محمد بن يَحيَى بن الحسن العلوي، قال: حدثنا جدي، قال: كان محمد بن جعفر شجاعا عاقلا فاضلا، وَكان يصوم يوما ويفطر يوما وكانت زوجته خديجة بنت عَبد الله بن الحسين تقول ما خرج من عندنا في ثوب قط فرجع حتى يكسوه.