كان محمد ثقة كثير الحديث، وقال العجلي: محمد تابعي ثقة.
وكان محمد الباقر معدودًا من كبار الفقهاء، قال صاحب"الإرشاد": لم يظهر عن أحد من ولد الحسن والحسين من علم الدين والسنن، وعلم القرآن، والسير، وفنون الأدب ما ظهر عن أبي جعفر الباقر.
وذكره الإمام النسائي في فقهاء أهل المدينة من التابعين.
وقال عبد الله بن عطاء: ما رأيت العلماء عند أحد أصغر منهم علمًا عند الباقر.
ولقب بالباقر من قولهم: بقر العلم: أوسعه، قال صاحب"القاموس": والباقر محمد بن علي بن الحسين - رضي الله عنه -؛ لتبحره في العلم.
وفيه يقول الشاعر:
يا باقر العلم لأهل التقى ... وخير من لبى على الأجبل
وقال مالك بن أعين الجهني يمدحه:
إذا طلبت الناس علم القرآ ... ن كانت قريش عليه عيالا
وتلقى عن الباقر الحديث جماعة من كبار أئمة الحديث، مثل: الإمام الزهري، والإمام الأوزاعي، وربيعة، وابن جريج، وعمر بن دينار.
وللباقر بعد منزلة الفقه والعلم منزلة فائقة في الفضل والاجتهاد في العبادة، والدعوة إلى الله. قال محمد بن المنكدر: ما رأيت أحدًا يفضل علي ابن الحسين، حتى رأيت ابنه محمدًا؛ أردت أن أعظه، فوعظني.
وللباقر مواعظ بالغة، وحكم رائعة، ومن هذه المواعظ والحكم قوله لابنه:"إياك والكسل والضجرة فإنهما مفتاح كل خبيثة، فإنك إذا كسلت، لم تؤد حقًا، وإن ضجرت، لم تصبر على حق". وقوله:"أشد الإيمان ثلاثة:"