* أسرار التنزيل:
تفسير سورة الفاتحة - تفسير آيات: من سورة البقرة، من سورة آل عمران، من سورة الأنفال، من سورة يونس، من سورة الحج، من سورة ص.
* بلاغة القرآن:
بلاغة القرآن - نقل معاني القرآن إلى اللغات الأجنبية - رأي في تفسير القرآن - أمثال القرآن الكريم - المحكم والمتشابه في القرآن - اليمين في القرآن والحديث - الرقية والاقتباس والاستخارة والقرآن - إعجاز القرآن وبلاغته - ترجمة القرآن - حقيقة ضمير الغائب في القرآن - القرآن لا يقول إلا حقاً - الفن القصصي في القرآن - تحريف آيات الحدود عن مواضعها - كتاب يهذي في تأويل القرآن المجيد - كتاب يلحد في آيات الله - قصة أيوب عليه السلام ونقض آراء حديثة في تفسيرها.
(1) تسهيلاً للبحث العلمي والباحث نثبت فهارس الكتب المطبوعة للإمام محمد الخضر حسين. باستئناء ديوان شعره"خواطر الحياة"، والكتب التي حققها وعلق عليها - رضوان الله عليه -.