فأصدرت السلطة الفرنسية حكمًا عليه بالإعدام غيابيًا بتهمة تحريض المغاربة على الثورة، والانقلاب على المستعمر الفرنسي، وحجزت أملاكه في تونس - على قلتها -.
كتب"مشاهد برلين" [1] مذكراته عن تلك الحقبة، وهي مختصرة، ولم يعثر المحقق علي الرضا الحسيني على المذكرات الكاملة.
المرحلة الثالثة في رحلة الإمام محمد الخضر حسين، وهي مرحلة الاستقرار من عام 1920 - 1958 م، وهذه المرحلة أطلق عليها العلامة محمد الفاضل بن عاشور"مرحلة المجد الثقافي والشهرة العلمية".
ارتقى فيها الإمام إلى أعلى مراتب العلمية:
-بدأها في عمله في التصحيح بدار الكتب المصرية.
-تشكيل الجمعيات الإسلامية والوطنية: جمعية الشبان المسلمين - جمعية الهداية الإسلامية - جمعية تعاون جاليات أفريقية الشمالية - جبهة الدفاع عن أفريقية الشمالية، وألقى المحاضرات القيمة فيها.
-تأسيس وإصدار وتحرير المجلات:"نور الإسلام"-"الهداية الإسلامية"-"لواء الإسلام".
-تصدِّيه وردوده المتعددة، ولا سيما على طه حسين، وعلي عبد الرازق، وغيرهما، وقد أكسبته الشهرة الواسعة.
-نشاطه اللغوي في (مجمع اللغة العربية) .
-تدريسه في كليات (الجامع الأزهر) .
(1) كتاب"الرحلات"للإمام.