قام المؤلف - رحمه الله - بالعديد من الرحلات العلمية إلى الشرق والغرب. فقد زار طرابلس بليبيا عام 1317 هـ - 1889 م، وفي عام 1321 هـ - 1903 م قام برحلته العلمية الأولى إلى الجزائر، وعاد لزيارتها عام 1322 هـ - 1904 م. كما بدأت رحلته الأولى إلى الشرق عام 1330 هـ -1912 م في الشهر السابع حتى الشهر الحادي عشر، زار خلالها مالطة، والإسكندرية، والقاهرة، وبورسعيد، ويافا، وحيفا، ودمشق، وبيروت، وإستنبول، ثم عاد إلى تونس، ولم يمض شهر حتى عزم على الهجرة إلى دمشق فرارًا بدينه. فارتحل إليها متنقلًا من مصر إلى الشام والحجاز، ثم ألبانيا وبعض بلاد البلقان والآستانة وألمانيا.
وفي عام 1920 م ارتحل إلى القاهرة، واستقر فيها حتى آخر حياته، وقام خلالها برحلات إلى سورية ولبنان والحجاز.
وكم كان متشوقًا للعودة إلى الوطن الأم تونس، بعد أن نالت استقلالها. وقد طلب إليه الرئيس الحبيب بورقيية العودة، وكانت يين الرجلين مودة وصلة وثيقة منذ أيام الجهاد والكفاح في مصر. وما إن قبلها الشيخ الخضر، وتهيأ لها، حتى أدركته المنية بعيدًا عن الوطن.
لقد دوّن - رحمه الله، وأجزل إليه الثواب - مشاهداته عن بعض الرحلات التي قام بها إلى البلدان الأخرى، ونحن إذ نقدم للقارئ المسلم هذه الرحلات، فإن الدافع لذلك هو ما تضمنته من محادثات وتحارير علمية غايتها الدعوة إلى الحق والإصلاح في كل زمان ومكان.
ولم نتمكن من العثور -رغم ما بذلناه من جهد- على مذكراته كاملة عن ألمانيا، والتي نشرت في"صحيفة البلاغ"في بيروت عام 1918 م، وجريدة