وسنعتمد بدراسة الفكر التربوي للشيخ محمد الخضر حسين على المدونة التالية:
1 -"رسائل الإصلاح".
2 -"الدعوة إلى الإصلاح".
3 -"تونس وجامع الزيتونة".
4 -"الرحلات".
5 -مجلة"الهداية الاسلامية"الجزء 10 و 11 من المجلد التاسع، والجزء الثاني من المجلد الثالث عشر.
6 -مجلة"السعادة العظمى"العدد 7.
للشيخ محمد الخضر حسين مجالان أساسيان في الإصلاح التربوي، وكلاهما يتبع المجال الديني، وهما: الإصلاح التربوي الأخلاقي، والإصلاح التربوي العقلي.
نقد الشيخ محمد الخضر حسين التعليم الديني على عهده تحت عنوان: (عيوب التعليم الديني الحاضر) .
في نظر الشيخ الخضر، المثالبُ والنقائص التالية في التعليم على عهده بمصر: - وأكتفي بأن أقرأ عناوين هذه النقائص-
1 -ضآلة المحتوى في التعليم الديني.
2 -عدم اعتبار المادة الإسلامية مادة أساسية.
3 -سوء العناية بمادة القرآن الكريم.
4 -عدم الاهتمام بالسيرة النبوية، وبالتاريخ الإسلامي.