وأسماء المدينة كثيرة وردت في أحاديث وآثار.
قال عبد العزيز بن محمد الدراوردي: وبلغني أن لها في التوراة أربعين اسمًا.
قلت: والذي وقع لي من أسمائها ما رتبته هنا, وهو: أرض الهجرة, أكالة البلدان, البحرة, بلد الرسول صلى الله عليه وسلم, الحبيبة, الخيرة, الدار, دار الإيمان, دار الهجرة, دار السنة, الشافية, طابة, طيبة, طيّبة - بالتشديد - ظبايا, العاصمة, العذراء, القاصمة, قبة الإسلام, المباركة, المجبورة, المحبة, المختارة, المدينة, المرحومة, المرزوقة, المسكينة, المقدسة, الموفية, الهذرا, يثرب, يلندد, يندد.
وقد كره غير واحد من العلماء تسميتها بيثرب.
وقال عيسى بن دينار الخزاعي: من سماها يثرب كتبت عليه