وفي ولايته كانت الفتنة بينه وبين التركمان سنة 484، وأخذه الحجاج سنة 486.

وهو أول من أعاد الخطبة لبني العباس في مكة بعد أن انقطعت نحوًا من مائة سنة، ولكنه صار يخطب بعد ذلك للعباسيين حينًا، وللفاطميين حينًا آخر، ويقدم في ذلك من تكون صلته أعظم. ودامت ولاية محمد بن جعفر إلى أن مات سنة سبع وثمانين وأربعمائة وقد جاوز السبعين سنة.

وولي مكة بعده ابنه القاسم بن محمد، وظل حتى توفي سنة 517، فتكون ولايته نحوًا من ثلاثين سنة.

وخلفه ابنه فليتة وتوفي وهو في الإمارة سنة 527.