عندما انسحبت روسيا كان اكثر الدبلوماسيين يتوقعون ان يسقط المجاهدون حكومة نجيب دون بذل جهد. لم تسقط حكومة نجيب وذلك يعود لعدة عوامل أهمها المؤامرة السياسية على المجاهدين وقطع الإمدادات عن المجاهدين إضافة الى تغيير نجيب لسياسته في التعامل مع الوضع الجديد بعد انسحاب الروس وتدفق الأسلحة الروسية و المساعدات على نجيب. أخذت الولايات المتحدة خطوات جادة لحل سلمي للحرب الأفغانية، ففي آخر زيارة الى موسكو ابلغ جيمس بيكر وزير الخارجية الأمريكية آنذاك نظيره الروسي شيفارنادزة: إن الولايات المتحدة تخلت عن شرطها السابق وهو عزل نجيب عن منصبه قبل البدء في أية محادثات للسلام، هذا التغيّر في السياسة الأمريكية ينبع من عدة أمور:"تذمر الولايات المتحدة من المحاولة الانقلابية الفاشلة لإسقاط نجيب في كابل وعدم تمكن المجاهدين من فتح جلال أباد مع فشل أحزاب المجاهدين في تشكيل حكومة مقنعة وبديلة إضافة الى تخلي نجيب عن خطه الشيوعي المتشدد، إذ قام ببناء المساجد واقترح إجراء الانتخابات وادعائه أن حزبه هو الممثل الوحيد في أفغانستان."

ترك الجهاد بصمات واضحة على الحركات التحررية في العالم فقد مزق الستار الحديدي الذي كانت تتستر وراءه القوى العظمى، وأشعل بريق الحرية لدى شعوب الولايات الإسلامية المحتلة بآسيا الوسطى. فقد نشرت في شهر ديمسبر 89مقابلة إذاعية لقائد القوات الروسية المسيطرة على الحدود الروسية الجنوبية حيث قال فيها: كثرت التدخلات من حدودنا الجنوبية وبما أن إغلاق جميع الحدود مع أفغانستان (1900) أمر صعب جدا فإن الكتب الإسلامية ونسخ القرآن الكريم تم إدخالها الى الأراضي السوفيتية لأجل التعليم الديني وسكان المناطق الحدودية لا ينشرون هذه النشاطات فقط بل يقومون بمساعدتها كذلك، هذا ما ذكره الشيخ عبدالله عزام ... كان الرئيس الروسي غورباتشوف قلق لفشل الروس في السيطرة على هذه النشاطات، والتي تعود لأسباب عديدة منها:"أغلب الجنود والضباط المكلفين بحراسة الحدود الجنوبية من غير سكان تلك المناطق فهم بعيدون عن معرفة التقاليد الاجتماعية والدينية للمناطق الإسلامية بالإضافة الى فقدان المعرفة الدقيقة لجغرافية هذه المناطق حيث أن المسلمين بتلك المناطق لا يثقون بالضباط والجنود والوافدين من مناطق غير إسلامية، ولا يرغبون في أن يتدخلوا في شؤونهم الداخلية كما أن بعد هذه المناطق عن موسكو والطبيعة القبلية وشبه القبلية الموجودة لدى الشعب لا تسمح للإدارات الحكومية بالتأثير الدقيق في الأمور اليومية المتعلقة بالسكان وهذا الأمر يؤدي الى إضعاف السيطرة الحكومية على الأوضاع يوما بعد يوم."