النسخة الرابعة: (كتاب العبادة) محفوظة بمكتبة الحرم المكِّيَّ بالرقم العامّ 4689.
وعدد أوراقها 220 ورقة، والصفحات الأولى مطابقة تقريبًا للنسخة المشهورة لكتاب العبادة مع زيادات تقلُّ أو تكثر أحيانًا.
مقاسها: 32 ×20 سم.
مسطرتها: 25 - 29 سطرًا.
وهي في مجلَّد كبير، مشوَّشة الأوراق، ولم تُرَقَّم.
وهي بخط المؤلف.
وفيها عدَّة صفحات من نصوص الدفتر الأول، وشيء من الأصل الثاني:"الحجج والشبهات"الذي عندنا، وأصول أخرى لم نجدها في قطعة (ز) ولا في نسخة (أ) ، وكثير من فصل حكم الجهل والغلط، وصفحات من محتوى الدفترين الثاني والثالث، وطغى عليها ما يتعلَّق بالرياضة الصوفية، والخوارق، والغرائب.
وقد رمزت لها بالحرف (ب) .
النسخة الخامسة: قطعة مؤلَّفة من ثلاث رسائل بحسب الفهرسة في مكتبة الحرم المكي. عنوان الأولى: (أصول ينبغي تقديمها) ، وعنوان الثانية: (معنى قوله تعالى: {وَمَا كُنَّا مُعَذِّبِينَ حَتَّى نَبْعَثَ رَسُولًا} ) ، وعنوان الثالثة: (رسالة في العقيدة) . ثلاثتها محفوظة بمكتبة الحرم المكَّيِّ بالأرقام العامَّة (4679، و4655، و4672) . والحقيقة أنها قطعة واحدة من كتاب العبادة، دل على ذلك الترقيم المتتابع (1 - 52) ، وترابط الكلام، وحجم الورق.
وعدد أوراقها 53 ورقة من القطع الكبير، وهذه القطع الثلاث مرقَّمة