بعث في مهمة إلى البرتغال (1641) أثر في يوحنا الرابع بنزاهة خلقه وتنوع مواهبه تأثيرًا حدا به إلى تعيينه عضوًا في المجلس الملكي، وهناك شارل بنصيب غير صغير في التخطيط للانتصارات التي ردت لوطنه استقلاله. ثم هز الأفكار الراسخة بالمطالبة بإصلاح ديوان التفتيش، وفرض الضرائب على جميع الناس دون اعتبار للطبقة، والسماح لليهود بدخول البرتغال، وإلغاء التمييز بين"المسيحيين القدامى"و"المسيحيين الجدد" (أي اليهود الذين اعتنقوا المسيحية) . وكان مثالًا، من أمثلة كبيرة، على حيوية اليسوعيين وتعدد قدراتهم ونزعتهم التحررية المتكررة الظهور.
فلما عاد إلى البرازيل (1652) ، أرسل مبعوثًا إلى مارانهاو، ولكن نقده الصارم لهمجية سادة العبيد وأخلاقهم حملهم على السعي حتى نفي إلى البرتغال (1654) . ودافع أمام الملك عن قضية الهنود المظلومين، وحصل على شيء من التخفيف عنهم. فلما عاد إلى أمريكا الجنوبية (1655) ، أنفق ست سنوات كان فيها"رسول البرازيل"، يقطع مئات الأميال على الأمازون وروافده، ويخاطر بحياته كل يوم بين القبائل المتوحشة وأهوال الطبيعة، ويعلم الوطنيين فنون الحضارة، ويدافع عنهم ضد سادتهم في شجاعة حملت هؤلاء أيضًا على الحصول على أمر بنقله إلى البرتغال (1661) . وهناك قبض عليه ديوان التفتيش متهمًا إياه بأن كتاباته تحتوي على هرطقات خطرة وتطرفات تستحق الإدانة (1665) . وهالته الأحوال في سجون الديوان-إذ رأى خمسة رجال محشورين في زنزانة عرضها تسعة أقدام وطولها أحد عشر، لا يدخلها الضوء الطبيعي إلا من شق في السقف، ولا تغير فيها الأواني إلا مرة في الأسبوع (49) . وأطلق سراحه بعد سنتين، ولكنه منع من الكتابة أو الوعظ أو التعليم. فذهب إلى روما (1669) ، وهناك رحب به كلمنت العاشر وكرمه، واستهوى الكرادلة والعامة بفصاحته. وعبثًا التمست منه كرستينا ملكة السويد السابقة أن يكون مرشدها الروحي. وقد عرض على البابا اتهامًا مفصلًا لديوان التفتيش باعتباره وصمة على جبين الكنيسة ونكبة على رفاهية البرتغال. وأمر كلمنت بأن تحال إلى روما كل القضايا المعروضة