فعارضه كبار رجال الدين ولكن الملكة أيدته وكأنما تجرد القديس فرنسيس من تواضعه وزود فجأة بقوتي برنارد ودومنيك وقدرتيهما.
ولم يكن ليرضى هذا القديس العبوس، أن يجد يهوديين لم ينتصرا لهما مكانة مرموقة في البلاط. أحدهما من أكثر مستشاري إيزابلا ثقة وهو إبراهام سنيور، وقد أخذ هو وإسحاق إبرابانيل يجمعان الموارد لفرديناند وينظمان تمويل حرب غرناطة. وكان الملك والملكة وقتذاك معنيين بالمنتصرين بصفة خاصة آملين أن يأتي وقت يصبح فيه هؤلاء مسيحيين مخلصين وأجرت إيزابلا مدرسة لأصول الدين لتعليمهم، ومع ذلك فقد احتفظ كثير منهم بعقيدته السالفة سرًا ولقنوها أبناءهم. وسكنت كراهية الكاثوليك لليهود غير المعمدين إلى حين، بينما اشتد الحنق على"المسيحيين الجدد"ونشبت الفتن ضدهم في طليطلة (1467) وبلد الوليد (1470) وقرطبة (1472) وسيجوفيا (1474) وأصبحت المسألة الدينية عنصرية أيضًا، ودبر الملك والملكة الفتيان الوسائل التي تحول هذا المزيج المضطرب في الشعوب واللغات والمذاهب المتصارعة إلى وحدة منسجمة وسلام اجتماعي. ورأيا أن خير وسيلة لبلوغ هذه الأهداف هي إعادة محاكم التفتيش إلى إسبانيا.
نحن اليوم غير متحققين ومختلفون في آرائنا حول أصل العالم والإنسان ومصيرهما حتى إننا أمسكنا في معظم البلاد، عن معاقبة الناس لمجرد أنهم يختلفون عنا في معتقداتهم الدينية. ونحن إنما نوجه تسامحنا الحاضر إلى أولئك الذين يناقشون مبادئنا السياسية والاقتصادية، ونحن نفسر مذهبنا الثابت المروع على أساس أن أي شك في وجه ادعائنا الذي نقيم عليه الدليل، يهدد تماسكنا وبقاءنا القوميين. ولقد كان المسيحيون واليهود والمسلمون