وفي نحو منتصف شهر يوليو تلقى من حكومة الإدارة أمرا كان قد أرسل له في 26 مايو، مؤداه أن يعود إلى باريس فورا · فصمم على العودة إلى فرنسا بطريقة ما رغم الحصار البريطاني، ليشق طريقه إلى السلطة، وليعزل القادة المخطئين الذين سمحوا بضياع مكاسبه كلها في إيطاليا بهذه السرعة السريعة· ونظم نابليون الأمور العسكرية والإدارية في القاهرة وعين كليبر Kleber المعارض ليكون على رأس ما تبقى من حلم فرنسا ضم مصر إليها·
وكانت الخزانة خاوية بالإضافة إلى كونها مدينة بستة ملايين فرنك، فقد كانت هناك متأخرات للجنود وصلت قيمتها إلى أربعة ملايين فرنك، وكان عدد الجنود الفرنسيين يتناقص يوما بعد يوم وكذلك معنوياتهم، بينما أهل البلاد المقاومون يزدادون قوة ويتحينون الفرصة للقيام بثورة أخرى· وكان من الممكن في أي وقت أن ترسل تركيا وبريطانيا العظمى قوات عسكرية إلى مصر يمكنها - بمساعدة أهل البلاد - عاجلا أم آجلا إجبار الفرنسيين على التسليم· وكان نابليون يعلم ذلك كله ولم يكن يستطيع تبرير مغادرته مصر إلا بالقول إنه مطلوب في باريس ولديه أمر بالعودة· وعندما كان يودع جنوده رفع صوته قائلا:"إذا حالفني الحظ ووصلت إلى فرنسا فلا بد أن ينتهي حكم هؤلاء الثرثارين الحمقى"·
ولا بد من إرسال الدعم لهؤلاء الفاتحين المحاصرين· ولم يصل هذا الدعم أبدًا (ومما يذكر أن نابليون كان قد وعد - في وقت سابق - أن يقدم لكل جندي من جنوده ستة هكتارات من الأرض بعد أن يعودوا ظافرين إلى بلادهم) ·