والأساقفة عن سيدهم الغائب أن توجوا مرضاه له ابنه هنري البالغ من العمر سبع سنين"ملكًا على الرومان"- أي وارثًا لعرش الإمبراطورية (1220) . وعين فردريك نفسه في الوقت عينه نائبًا في صقلية عن هنري الذي بقى وقتئذ في ألمانيا. وبدل هذا العمل خطط إنوسنت تبديلًا تامًا، ولكن إنوسنت كان قد فارق هذا العالم. وخضع هونوريوس للأمر الواقع، ولك يكتف بالخضوع له بل توج فردريك إمبراطورًا في روما، لأنه كان شديد الرغبة في أن يرحل فردريك من فوره لإنقاذ الصليبيين في مصر. لكن بارونات إيطاليا الجنوبية ومسلمي صقلية خرجوا عليه وقتئذ، وقال فردريك إنه لابد له أن يعيد النظام في مملكته الإيطالية قبل أن يخاطر بالغياب عنها زمنًا طويلًا. يضاف إلى هذا أن زوجته ماتت في ذلك الوقت (1222) . وأراد هونوريوس أن يغريه بأن يبرّ بقسمه فأقنعه بأن يتزوج إزابلا Isabella، وارثة عرش أورشليم الضائعة، ووافق فردريك على هذا الزواج وأضاف لقب"ملك أورشليم"إلى لقبيه الآخرين وهما ملك صقلية وإمبراطور الدولة الرومانية المقدسة. ثم أخرت سفره مرة أخرى متاعب قامت في المدن اللمباردية. ومات هونوريوس في عام 1227 واعتلى عرش البابوية جريجوري التاسع الرجل الصارم القوي الشكيمة. وأخذ فردريك وقتئذ يعد العدة في جد، فأنشأ أسطولًا عظيمًا، وحشد أربعين ألفًا من المحاربين الصليبيين في برنديزي، لكن وباء مروعًا فشا في جيشه، مات منه آلاف، وفرَّت منه آلاف أكثر منها. وأصيب بهذا الوباء الإمبراطور نفسه، وكبير قوَّاده لويس الثورنجيائي Louis of Thuringia. ومع هذا فقد أصدر فردريك أمره بالرحيل، ومات لويس، وساءت حال فردريك، وأشار عليه أطباؤه ومن كان معه من كبار رجال الدين بأن يعود إلى إيطاليا، فعمل بمشورتهم، وطلب العلاج من مرضه في بزيولي Pozzuoli. ونعد صبر البابا جريجوري؛ فلم يستمع إلى أقوال رسل فردريك وأعلن في العالم حرمان الإمبراطور.