الرئيسية تكمن في دحض مزاعم كالفن. وانضم إلى بلاندوراتا في بولندة، وعاد إلى سويسرة حيث اعتقله حكام بيرن وأدين بتهمة الحنث بقسمه والهرطقة وقطعت رأسه (1566) .
ووسط هذه المعارك في سبيل الرب استمر كالفن يعيش في بساطة وقد حكم جنيف بقوة شخصية مسلحة بأوهام أتباعه. وتدعم مركزه بمرور السنين. وكان ضعفه الوحيد في جسده الواهن: كان يشكو من آلام في رأسه والربو وسوء الهضم والحصوة والنقرس، وهصرت الحمى جسده وأبرزت عظمه وشكلت وجهه فبدت تقاطيعه مشدودة تنم على القسوة والكدر. وأصيب بمرض في 1558 - 59 استمر طويلًا وتركه ضعيفًا واهنًا مصابًا بنزيف متكرر من الرئتين. واضطر بعد ذلك إلى ملازمة الفراش معظم الوقت على الرغم من أنه مستمر في الدراسة والتوجيه والوعظ حتى عندما كان يحمل حملًا في مقعد إلى الهيكل المقدس. وحرر وصيته في يوم 25 أبريل عام 1564 وهو واثق تمام الثقة من اختياره للمجد الأبدي. وفي اليوم السادس والعشرين أقبل المأمورون وأعضاء المجلس وجلسوا بجانب فراشه، فطلب منهم المغفرة بسبب سورات غضبه، ورجاهم أن يتشبثوا بالعقيدة الطاهرة للكنيسة التي اتبعت الإصلاح وجاء فاريل وكان آنذاك قد بلغ العام الثمانين من عمره من نيوشاتل ليودعه الوداع الأخير. وبعد مرور بضعة أيام قضاها كالفن في الصلاة والعذاب وجد السلام (27 مايو عام 1564) . وكان تأثيره أعظم من تأثير لوثر، ولكنه سار في طريق كان لوثر قد مهده، فقد أسبغ لوثر حمايته على الكنيسة الجديدة بإحياء القومية الألمانيّة لتأييدها وكانت الحركة ضرورية، ولكنها ربطت اللوثرية رباطًا وثيقًا بالأصول التيوتوية، ولقد أحب كالفن فرنسا وجاهد لكي يرفع من شأن قضية الهوجنوت ولكنه لم يكن وطنيًا فقد كان الدين بلده، وعلى هذا فإن عقيدته، مهما لحقها من تعديل، استلهمت