أدنبرة قرارًا بنفي الأشخاص الأقذار (كذا) "الرهبان، أعضاء الأخوات الدينية، القساوسة الراهبات، الزناة (15) ". فعزلت ماري هؤلاء الحكام وأمرت بإجراء انتخابات جديدة. وفي سترلنج طرد القساوسة الذين أرادوا أن يقيموا لها القداس والدم ينزف من رءوسهم،"على حين انفجرت هي باكية، حيرة وعجزًا (16) ". واجتمعت الجمعية العامة للكنيسة الوطنية الاسكتلندية وطالبت بمنعها من حضور أي قداس في أي مكان، ولكن لوردات مجلس الشورى أبوا أن يستجيبوا لهذا. وفي ديسمبر 1561 قام خلاف حاد بين المجلس والكنيسة حول توزيع إيرادات الكنيسة. فخص للقساوسة البروتستانت السدس، وللملكة سدس آخر، واختص رجال الدين الكاثوليك (ولا يزالون يشكلون الغالبية) بثلثي الإيراد. فأوجز نوكس هذه القسمة في قوله: أعطى للشيطان ثلثان، وقسم الثلث الأخير بين الشيطان والرب (17) . وقبض الكهنة البروتستانت في المتوسط مائة مارك (3. 333 شلنات؟) سنويًا (18) .
واستمر رجال الكنيسة الوطنية، طوال العام التالي، ينددون بالملكة، وقد روعتهم التمثيليات والعربدة والصخب وحفلات الرقص والمغازلات التي تجري في بلاط ماري، واقتصدت الملكة في ملاهيها ومباذلها استجابة للاحتجاجات، ولكن القساوسة أحسوا بأن عليها لأن تفعل شيئًا أكثر من هذا، لأنها ما زالت تشهد القداس. وكتب أحد المعاصرين:"أن جون نوكس يرغي ويزيد ويدوي كالرعد من فوق المنبر، إلى حد أني لا أخشى شيئًا أكثر من أنه يومًا ما سيفسد علينا كل شيء، إنه يسود ويتحكم (19) ". وهنا أيضًا اشتبك الإصلاح الديني مع النهضة.
وفي 55 ديسمبر 1562 استدعت ماري نوكس، واتهمته، في حضرة موري ولثنجتون وغيرهما، ببذر بذور الكراهية لها في نفوس أتباعه. ويقول هو بأنه رد عليها:"إن الأمراء والحكام درجوا على اللعب واللهو وتضييع الوقت سدى أكثر منهم في قراءة أعظم كلمات الله والاستماع إليها، وأن العابثين واللاهين أعظم قيمة في أعينهم من الحكماء والجادين والوقورين، الذين قد يستطيعون"