ماري- وهي غاضبة متحدية إلى سجن أشد قيودًا في تتبري Tutbury على نهر ترنت، واحتجت الحكومات الأجنبية، ولكن إليزابث أجابت بأنهم لو اطلعوا على الأدلة التي قدمت إلى اللجنة لاعتبروا معاملتها لماري لينة هينة، لا قاسية (52) . وأشار السفير الأسباني على فيليب بغزو إنجلترا ووعده بمعاونة شمال إنجلترا الكاثوليكي له، ولكن فيليب تشكك في مثل هذه المعاونة، كما أنذره دوق ألفا بأن إليزابث قد تأمر بقتل ماري عند أول بادرة للغزو أو الثروة.
وقامت الثورة. ففي 14 نوفمبر 1569 قاد ارل نورثمبرلند وارل وستمورلند جيشًا قوامه 5. 700 من الثوار إلى درهام، وأطاحوا بمكتب الطائفة الأنجليكانية وأحرقوا كتاب الصلوات العامة، واستردوا المذبح الكاثوليكي، واستمعوا إلى القداس، ودبروا هجومًا على تتبري لإطلاق سراح ماري، ولكن إليزابث فوتت عليهم الفرصة بنقل ماري إلى كونفتري في 23 نوفمبر 1569. وعجل ارل سسكس على رأس جيش معظمه من الكاثوليك، بإخماد الثورة. وأمرت إليزابث"بشنق المقبوض عليهم من المتمردين وأتباعهم المتواطئين معهم، وإلا تنقل جثثهم بل تظل في أماكنها حتى تتساقط إربًا (53) ". وبهذا أمكن التخلص من نحو ستمائة رجل وصودرت أملاكهم للتاج، وفر نورثمبرلند ووستمورلند إلى إسكتلندة. وفي فبراير 1570 قاد ليونارد داكريس ثورة أخرى من الكاثوليك، ولكنه هزم أيضًا، وهرب عبر الحدود.
وفي يناير 1570 كتب نوكس إلى سيسل يشير عليه بإصدار أمره بقتل ماري فورًا،"فإنك إذا لم تستأصل الجذور عادت الأغصان التي تبدو ذابلة متكسرة إلى النمو والازدهار (54) ، وكان قد فرغ آنذاك من كتابه"تاريخ الإصلاح الديني في مملكة إسكتلندة"- وهو كتاب لا يدعي عدم التحيز: قصصي غير دقيق، ولنه مفعم بالحيوية زاخر بالمعلومات عن سير الأفراد، ذو أسلوب طريف فردي لاذع لأنه صادر عن واعظ لا يخشى في الحق لومة لائم، يصارح كلًا بما فيه دون مواربة. وهو رجل موجع قاس ولكنه عظيم، حقق حلمه في القوة والسيطرة أكثر مما فعل كلفن،"