ووصلت أخبار عن علمه وتطبيقاته إلى باريس وحظي بتوصيات مفيدة من أولئك الذين سينافسونه مستقبلا، سانت هيلار Saint - Hilaire ولامارك Lamarck وجعلته هذه التوصيات ينال أستاذية علم التشريح المقارن وهو في سن السابعة والعشرين (1796) في المتحف الوطني للتاريخ الطبيعي· ونشر وهو في الواحدة والثلاثين كتابًا يُعد واحدًا من كلاسيكيّات العلوم في فرنسا دروس في"علم التشريح المقارن Lecons d'anatomie Comparee"وحتى الثالثة والثلاثين أصبح أستاذا أساسيا (باحثًا معترفًا به) في حديقة النباتات (جاردين دي بلانت Jardin des Plants) ، وفي الرابعة والثلاثين أصبح سكرتيرًا دائمًا (أي مديرًا تنفيذيًا) لقسم العلوم الفيزيائية والطبيعية في المعهد الوطني· وفي هذه الأثناء (1802) كثرت أسفاره كمندوب للمعهد في مهمة إعادة تنظيم التعليم الثانوي·
ورغم واجباته كمعلّم وإداري فقد واصل أبحاثه مستعينًا ببعض المتعاونين معه لدراسة وتصنيف كل أنواع النبات والحيوان التي حفظت الحفريات بقاياها أو التي لا تزال حيّة تدب على الأرض أو تعيش في البحر· وكتابه"التاريخ الطبيعي للأسماك Histoire naturelle des Poissons" (1828 - 1831) يصف لنا خمسة آلاف نوع من السمك· وأبحاثه عن"حفريات ذوات الأربع Recherches sur les ossements fossiles des quadrupedes" (1812 - 1825) تكاد تكون قد أوجدت علم حفريات الثدييات· إنّ هذا البحث يضم وصف كوفييه للفيل الأول الغامض وقد أسماه الماموث mammoth والذي تم العثور على بقاياه (1802) مدفونة تحت كتل جليدية ظلت متجمدة بشكل دائم في سيبيريا وظلت محفوظة بشكل جيد حتى أن الكلاب أكلت من لحمها بعد إذابة الجليد الذي فوقها· وفي واحد من مجلداته هذه شرح كوفييه مبدأه العلمي عن اتصال الأجزاء وعن طريق هذا المبدأ فكر في إعادة بناء نوع محدّد بدراسة عظمة واحدة تكون باقية من أحد أفراده (أي أفراد هذا النوع) ·