وفي 1580"لعنت"الجمعية العامة للكنسية الوطنية الإسكتلندية (البروتستانتية) وظيفة الأسقف ودمغتها بأنها"حماقة من ابتداع الإنسان". وصدر الأمر إلى جميع الأساقفة- تحت التهديد بعقوبة الحرمان من الكنيسة، بأن يكفوا عن مباشرة أعمالهم، والتقدم إلى الجمعية العامة بطلب الترخيص لهم بأن يكونوا مجرد كهنة عاديين. ونبذت الحكومة"الكتاب الثاني لقواعد السلوك والانضباط"، وتمسكت بأن الحرمان من الكنيسة لا يصبح نافذ المفعول إلا إذا صدقت عليه الدولة. وفي 1581 رشح لنوكس، وكان آنذاك وصيًا على العرش، روبرت مونتجمري رئيسًا لأساقفة جلاسجو. ولكن قساوسة جلاسجو البروتستانت أبوا أن ينتخبوه، ولكنه على الرغم من هذا أصر على أن يتولى مهام منصبه، فقررت الجمعية العامة بزعامة ملفيل حرمانه من الكنيسة (1582) ، ورضخ مونتجمري وانسحب. واتهم ملفيل بالتحريض على (الفتنة) ، فرفض المحاكمة المدنية، وطالب بأن يحاكم أمام محكمة كنسية. ولما أدين بتهمة احتقار المحكمة، هرب إلى إنجلترا (1584) . وأقنع جيمس البرلمان بأن يعلن أنه يعتبره خيانة: رفض الخضوع للقضاء المدفى، وتدخل القساوسة في شئون الدولة، ومقاومة حكومة الأساقفة، وأية اجتماعات كنسية لا يرخص الملك بعقدها. فآثر كثير من القساوسة أن يلحقوا بملفيل في منفاه، على الامتثال لهذه الأوامر. فما كان من جيمس، تمسكًا بسيادته العليا واستمتاعًا بها، إلا أن أمعن في حكم الإرهاب: فعوقب الكهنة لأنهم صلوا من أجل اخوتهم المنفيين، وأعدم اثنان آخران بتهمة التآمر.
وقاوم رجال الدين والمترددون على كنائسهم، بما عهد في الاسكتلنديين من عناد وصلابة، وشوهت النشرات التي لم يعرف مصدرها سمعة الملك. ونددت الأغاني بطغيانه والعار الذي لحق به من أجله، وحتى النساء كتبن له نقدًا ساخرًا لاذعًا ينذرنه فيه بالجحيم وسوء المصير. وتناقض شيئًا فشيئًا ما كان يحصل عليه أساقفته من الأموال، وسلموا الدولة منها الأقل فالأقل، ووجد جيمس أنه بات صفر اليدين، بلا مال-وهو مصدر قوة إرادته، واشتد ضعفه سنة بعد أخرى، وأقر برلمان 1529، بموافقته التامة، مرسومًا يحتفظ للكنيسة الاسكتلندية الوطنية (البروتستانتية)