وتصانيف مؤيد الدين الطغرائي كثيرة في هذا العلم ومعتبرة عند أربابها منها:
كتاب مفاتيح الرحمة ومصابيح الحكمة.
وكتاب جامع الأسرار.
وكتاب تراكيب الأنوار.
ورسالة وسمها: بذات الفوائد.
وكتاب حقائق الإستشهادات، يبين فيه إثبات صناعة الكيمياء، والرد على أبي علي بن سينا في إبطالها بمقدمات من كتاب (الشفا) .
والكتب والرسائل في هذا الباب كثيرة، لكن لا خير في الإستقصاء فيها، وإنما التعرض بهذا القدر أن لا يخلو كتابنا عنها بالمرة. نسأل الله تعالى خيرَيْ الدنيا والاخرة.