واعتماده عليه على عادته في سائر تصانيفه من الاعتماد على كتب السابقين وتضمين مضامينها في كتبه وإجراء الزيادة اللازمة، وحذف الزائد منها، وتقديم ما حقه أن يقدّم، وتأخير ما حقّه أن يؤخر، حتى يخرج كتابه بالمنهجية الموسوعية الجامعة التي يرتضيها وهو يصرح بذلك فيقول: (ورتّبت أنواعه ترتيبا أنسب من ترتيب «البرهان» ، وأدمجت بعض الأنواع في بعض. وفصّلت ما حقّه أن يبان وزدته على ما فيه من الفوائد والفرائد، والقواعد والشوارد ما يشنّف الآذان، وسمّيته «بالإتقان في علوم القرآن» ) .

بلغت الأنواع عند السيوطي ثمانين نوعا، بينما هي عند الزركشي سبعة وأربعون، فيكون بذلك قد أضاف ثلاثة وثلاثين نوعا على ما في البرهان وهو عدد كبير يقارب ثلثي أنواع «البرهان» ، وهذه الزيادة منها ما هو توسعة لنوع واحد عند الزركشي، كالنوع العاشر في «البرهان» وهو: معرفة أول ما نزل وآخر ما نزل جعله السيوطي نوعين هما السابع أول ما نزل، والثامن: آخر ما نزل، وكالنوع السابع والسبعين في «البرهان» وهو: تفسير القرآن، جعله السيوطي خمسة أنواع هي: الثاني والأربعون قواعد مهمة يحتاج المفسّر إلى معرفتها، والسابع والسبعون: تفسيره، والثامن والسبعون: شروط المفسر وآدابه، والتاسع والسبعون: غرائب التفسير، والثمانون: طبقات المفسرين. وهكذا.

ومنها ما هو جديد لم يذكره الزركشي في «البرهان» كالنوع السادس وهو: الأرضي والسمائي، والنوع الثاني، وهو: الحضري والسفري، والرابع، وهو: الصيفي والشتائي، والخامس وهو: الفراشي والنومي، والحادي عشر وهو: ما تكرر نزوله

وقد تصرف السيوطي بالأنواع التي أخذها من «البرهان» فقدّم بعضها وأخّر بعضها الآخر، واختصر بعضها، ووسّع بعضها الآخر، ومن أمثلة تقديمه وتأخيره للأنواع، أنه جعل النوع الأول في «البرهان» وهو: سبب النزول، تاسعا في «الإتقان» ، والتاسع في «البرهان» وهو: المكي والمدني، أولا عنده، والرابع في «البرهان» وهو: الوجوه والنظائر تاسعا وثلاثين عنده، وهكذا

ومن أمثلة اختصاره وتوسيعه للأنواع أنه جعل الناسخ والمنسوخ في (18) صفحة بينما جاء عند الزركشي في (5) صفحات، وهو يماثل أربع أضعافه تقريبا، وجعل غريب القرآن في (85) صفحة بينما هو عند الزركشي في (6) صفحات، وهذه الزيادة

ناشئة عن تضمينه لرسائل صغيرة لبعض الأئمة، في هذا النوع، كمسائل نافع بن الأزرق، وغريب القرآن المأثور عن ابن عباس من رواية ابن أبي طلحة