كان الأستاذ الأفغاني جم النشاط العلمي محاضرًا وباحثًا وكاتب مقالة ومؤلفًا ومحققًا، ألف في اللغة والنحو: حاضر اللغة العربية في بلاد الشام، نظرات في اللغة عند ابن حزم، مذكرات في قواعد اللغة العربية، في أصول النحو، الموجز في قواعد اللغة العربية. وشواهدها، من تاريخ النحو.
وفي موضوعات أخرى ألف: أسواق العرب في الجاهلية والإسلام، ابن حزم الأندلسي، الإسلام والمرأة، عائشة والسياسة.
وله في التحقيق كتب عديدة نذكر منها: المفاضلة بين الصحابة لابن حزم، تاريخ داريا لعبد الجبار الخولاني، الإغراب في جدل الإعراب لابن الأنباري، حجة القراءات لابن زنجلة، ملخص إبطال القياس لابن حزم.
اتصف الأفغاني بالأنفة والكبرياء، وبكرهه للمحاباة والنفاق. لم تفتنه يومًا سلطة قوي، ولم يأسره مظهر أو منصب. كان نبيلًا مع أصدقائه وفيا لهم، يخشى الله ولا يخشى الأذى من الناس. وفي كتاب عائشة والسياسة، يصف الأفغاني نفسه، فيقول:"في طبعي هيام بالحرية والصراحة، وكثيرًا ما أنكب الطريق الأسلم في سبيل الجهر بما أرى أنه الحق في العقائد والأشخاص متحملًا بصبر وطمأنينة ما أجر على نفسي من عناء وعداء. وهذا بلاء حتم لا مفر منه لمن خلق حرًا صريحًا، ولو حاول غير ذلك ما استطلاع."
يعدد الدكتور مازن المبارك في كتابه الكتب التي ألفها الأفغاني أو حققها، وتوقف عند كل واحد منها. فلو أخذنا منها كتاب (أسواق العرب في الجاهلية والإسلام) لرأينا أنه يضم مقدمة وثلاثة أبواب. يتحدث في المقدمة عن معارض الشام في عصره ويمهد للكلام على الأسواق ثم ينقل القارئ إلى جو تلك الأسواق. وفي الأبواب فصل الحديث عن التجارة عند العرب، وبيوع الجاهلية وموقف الإسلام من هذه البيوع. ثم تحدث عن قريش وما عرف به القرشيون من مهارة في التجارة، وما عرفوه في حياتهم من أسفار واختلاط بأقوام آخرين.