عين الشيخ محمد خليفة (أحد رؤساء القبائل) واليا على قطر فحاول أن يستقل عن آل خليفة، واشتبك معهم في قتال هزم فيه، وعاد آل خليفة لحكم قطر.
تنازع السعوديون مع آل خليفة على حكم قطر، واشتبكوا معهم في قتال عنيف انتهى لصالح السعوديين الذي أصبحوا يحكمون قطر. وكان أول المبايعين محمد بن ثاني الذي تولى زعامة قبيلته؛ ومنذ ذلك الحين ظهر آل ثاني في قطر. و حاول الشيخ محمد بعد ذلك الانفصال عن حكم آل خليفة والانفراد بالحكم فجرت معارك بين الطرفين. انتهت عام (1299 هـ/1882 م) .
على أن محاولة الشيخ محمد أثمرت في عهد ابنه قاسم الذي اعتبر مؤسس إمارة آل ثاني المستقلة تحت سيادة الخلافة العثمانية في قطر؛ إذ إنه وحد قطر واستقل عن البحرين.
ثم تولى بعده ابنه الشيخ عبد الله من (1331 هـ/1913 م) إلى (1368 هـ/1949 م) .
وفي عهد الشيخ عبد الله فقدت قطر سيادتها واستقلالها وأصبحت تحت الحماية البريطانية، كجاراتها. وعقدت معاهدة حماية سنة (1334 هـ - 1916 م) وفي فترة حكمه تم اكتشاف البترول في قطر. ثم توفي الشيخ عبد الله، وخلفه ابنه الشيخ علي من (1368 هـ/1949 م) إلى 1379 هـ/1960 م) وانسحبت بعد ذلك