وهي المنظمات والجماعات التي تخصصت في جهاد الأعداء الصائلين على بلاد المسلمين وخاصة اليهود (كما في فلسطين) ، أو الصليبيين المحتلين كالأمريكان (كما في جزيرة العرب والعراق وغيرها حاليا) أو الغربيين عموما، أو الملحدين كما الروس أو الصين، أو الوثنيين كما في الشيشان والبوسنة والهند وكشمير وجنوب شرق آسيا ... أو أي نوع من الأعداء الخارجيين.
وكثيرا ما تأخذ هذه المنظمات شكل حركات تحرير وطنية، ولكن على أساس إسلامي وجهادي كما أسلفنا، وبهدف تحرير تلك البلاد، ثم إخضاعها للحكم الإسلامي، أو دفاعا عن الدين والأرض والعرض والنفس والمال .. كعبادة وفريضة شرعية.
3.الجماعات والأفراد المجاهدين من أجل تغير المنكر بالسلاح أو لدفع المظالم:
وغالب هذه الظاهرة يقوم على الجهاد الفردي والمبادرات الشخصية، وغالبا ما لا يكون لها جماعات محددة أو أمير، وإنما أفراد أو شراذم صغيرة تقوم بأعمال جهادية مسلحة بنية الاحتساب والأمر بالمعروف والنهي عن المنكر أداء لفريضة عبادية وبناء على تصورات ودوافع دينية، لإزالة منكر هنا أوهناك، كتدمير مواقع