ولعل هذا أحد أهم المجالات التي قل فيها مجال الخلل بشكل عام، وذلك بفضل الله تعالى على المجاهدين وبركة قوله تعالى: {وَالَّذِينَ جَاهَدُوا فِينَا لَنَهْدِيَنَّهُمْ سُبُلَنَا وَإِنَّ اللَّهَ لَمَعَ الْمُحْسِنِينَ} (العنكبوت:69) .
وقد سبق أن عرضت لأهم الأساسيات الفكرية المنهجية لدى التيار الجهادي وجماعاته المختلفة.
ولكن بعض الجماعات والتنظيمات والتجارب الجهادية قد عرض لها شيء من الخطأ والخلل في الجانب الفكري المنهجي، بحسب ما أعتقد والله أعلم. ومن أهم تلك الأخطاء وجوانب الخلل المنهجية التي كانت من المعوقات الداخلية للعمل ما يلي:
فكما سبق وعرضت فإن التيار الجهادي مر فكريًا بمرحلتين بشكل عام.
أ المرحلة الفكرية الحركية.
ب مرحلة الفكر الجهادي السلفي.
وقد ذكرت كيف أن المرحلة الثانية قد أكملت الثغرات العقدية والفقهية التي كانت قائمة في الفكر الجهادي. وذكرت إيجابيات ذلك التكامل. ولكني هنا أشير إلى أن تلك الإيجابيات قد صاحبها