لكن فتنة الصراع بين الفصائل المختلفة من المجاهدين أوقع البلاد في حروب أهلية مابين (1992 - 1996 م) ، بتدبير من أمريكا وبعض الدول الأوربية، والإسلامية وعلى رأسها باكستان والسعودية. وراح ضحية هذه الحرب زهاء 40 ألف مسلم فيهم خيرة المجاهدين.
ثم ولدت حركة طالبان في قندهار أواخر سنة 1993 م. بزعامة الملا محمد عمر، وتمكنت من إقامة إمارة إسلامية أعلنت الحكم بالشريعة الإسلامية بعد دخولها كابل سنة 1996 م. وصارت أفغانستان ملجأ للحركات الجهادية العربية والإسلامية. ودخل طالبان في صراع مرير مع تحالف أحزاب الشمال من الأوزبك والفرسوان والهزارة الشيعة، وتدخلت القوى الدولية والإقليمية مرة أخرى ..
إلى أن غزت أمريكا أفغانستان بمعاونة باكستان والسعودية ودول الخليج وبعض الدول الأوربية وإيران! بعد أحداث سبتمبر الشهيرة، وأسقطت إمارة طالبان في ديسمبر 2001 م وما تزال القوى الإسلامية المتعددة، والطالبان يخوضون غمار الجهاد من جديد ضد القوات الأمريكية وحلفائها إلى الآن.