اندلعت مقاومة سكان أندونيسيا ضد الاستعمار بزعامة الأمير عبد الفتاح الذي شكل جيشا من الفدائيين وبنى أسطولا قويا أثار المتاعب في وجه الهولنديين.
وفي القرن الثالث عشر لم تتوقف المقاومة فاندلعت حرب طويلة كبدت الهولنديين خسائر فادحة.
تأسست عدة أحزاب إندونيسية بعد الحرب العالمية الأولى مثل (الجمعية المحمدية) وحزب (شركت إسلام) و (الجمعية العائشية) الخاصة بالسيدات، و (حزب جاوة الفتاة) و (جمعية اتحاد علماء المسلمين) وغيرها ومعظمها ذات طابع إسلامي جهادي، ثم تبلورت هذه الجمعيات والأحزاب في حزبين رئيسين هما (حزب القمصان الخضراء) وحزب (القمصان الحمراء) ، كان الحزب الأول يلجأ إلى أسلوب المفاوضات لتحقيق الاستقلال أما الحزب الآخر فقد اتخذ أسلوب الجهاد المسلح وتحول إلى (حزب شيوعي) وخلال الفترة ما بين الحربين تأسس (حزب أندونيسيا العظمى) و (الحزب الوطني) بزعامة سوكارنو اللذان نجحا في إرغام هولندا على تخفيف سياسة العنف والابتزاز الاقتصادي.
ولما قامت الحرب العالمية الثانية استولت اليابان على أندونيسيا سنة (1361 هـ) فاندلعت حركة المقاومة الوطنية برئاسة أحمد