وتحت ضغط القوى الوطنية الإسلامية أرغم سوكارنو على التنازل عن الحكم سنة (1386 هـ - 1968 م) وتولى الجنرال سوهارتو رئاسة الجمهورية.
ثم تدهورت أحوال البلاد بسبب فساد سوهارتو وأسرته .. وحصلت اضطرابات كثيرة. وأدت إلى اعتماد الإصلاحات السياسية والانتخابات التي تنازعنها أحزاب علمانية وشخصيات مدنية وعسكرية، وما تزال هذه أحوالها إلى اليوم. حيث آلت رئاسة الجمهورية في الإنتخابات الأخيرة 2004 م إلى جنرال عسكري تعهد في خطاب فوزه بمكافحة الإرهاب بالتعاون مع أمريكا وأستراليا.!!
تعرضت البلاد وما تزال لحركة تنصير قوية منذ مئات السنين، وقد اشتدت خلال القرن الأخير، وقد قرأت في بعض التقارير الإحصائية لبعض المؤسسات الإسلامية السعودية سنة 1992 م أن عدد الذين تنصروا في أند ونسيا يبلغ زهاء 30 مليون نسمة!.
ونظرا لكبر البلاد وتطورها الصناعي وانتشار الصحوة الإسلامية القوية فيها، تتعرض أندونيسيا لمؤامرات لتقسيمها، وقد نجحت الدول الأوربية بدعم حركات النصارى الذين نصروهم عبر سنين الإحتلال ثم الإستقلال، بفصل تيمور الشرقية عن أندونيسيا، وتشهد جزر الملوك أعمال قتال بين المسلمين والنصارى الذين قاموا