-أعلن الدكتور أيمن بيعته للشيخ أسامة بن لادن وضم تنظيم الجهاد لتنظيم القاعدة أواسط سنة (2001 م) رسميا .. مما أدى لانشقاق الحفنة من الرجال الذين تبقوا معه من الكوادر في أفغانستان إلى فريقين .. فريق وافقه على هذا التوجه .. وفريق أصر على متابعة الجهد في برامج العمل لإقامة حكومة إسلامية في مصر على أنقاض حكومة حسني مبارك عن طريق الجهاد بالأسلوب القديم .. واعتبروا حلَّه للتنظيم غير مشروع وأن مهمة الأمير إدارة التنظيم وليس حله وإلحاقه بتنظيم آخر .. وقاد هذا الفريق الأخ أبو السمح (ثروت صلاح شحاتة) . وهو محامي من الكوادر القديمة في التنظيم ومن قدماء الأفغان العرب أيضا ..
-لم تمهل أحداث سبتمبر كلا الجناحين كي يمضي بعيدا في برامجه وطموحاته. وسرعان ما اجتمع كل من تبقى من الأفغان العرب في معركة المصير والدفاع عن النفس وعن الإمارة التي كان القدر قد رسم ظروف سقوطها .. واستشهد معظم من تبقى من الكوادر في تلك المعارك وتحرك الدكتور أيمن الظواهري بعد أن بذل وسعه واستشهدت زوجته وابنه الوحيد محمد وطفلته الرضيعة رحمهم الله .. خلال هجمات القصف الوحشي التي قام بها الطيران الأمريكي .. واستقر مع الشيخ أسامة في مخبئهم المتنقل - حفظهم الله - ليتابعوا مسار الجهاد والتحريض كما هو