المسلمون دخولهم الحرب ضد النظام أواخر (1979 م) بعد عدة أشهر من اندلاعها. وتبنوا المواجهة وراحوا يعملون على الاستيلاء على قيادتها والاستحواذ عليها من الطليعة. ولعبت سياستهم تلك الدور الرئيسي - وإن لم يكن الوحيد - في إجهاض الجهاد المسلح ضد النظام في سوريا ...
-نتيجة أسباب داخلية ونتيجة سياسة الإخوان. ونتيجة الضربات الأمنية للحكومة التي نجحت باستعادة زمام المبادرة .. تقهقرت الطليعة المقاتلة. وصفي معظم كوادرها قتلا وسجنا ... واضطر من تبقى منها للخروج إلى دول الجوار. حيث فتحت حكومتا العراق والأردن، المناوئتين للنظام السوري آنذاك الأبواب للمعارضين السوريين من كل مكونات الطيف السياسي.
-إستطاع الإخوان المسلمون بقيادة عدنان سعيد الدين الاستحواذ على قيادة الثورة الجهادية في سوريا وجر من تبقى من الطليعة وكذلك تنظيم عصام العطار، بالإضافة إلى شريحة كبيرة من جماعات العلماء في سوريا على الانضواء تحت قيادتهم منذ (1980 م) ..
-قاد الإخوان المسلمون مسيرة الفشل السياسي والعسكري الشامل للثورة الجهادية في سوريا، إلى أن تم إجهاضها في مواجهات حماة (1982 م) الدامية .. حيث قضي على الأجهزة