في تلك الساحة استفادة من الوقت وصبرا على دورات التأهيل العسكرية والتربوية الطويلة المدى التي أخضعوا لها أنفسهم وإخوانهم، وخلال السنوات الثلاثة الأخيرة (1989 - 1992 م) ، استطاع أولئك الشباب أن يرتبوا أنفسهم ويؤسسوا التنظيم الذي عرف باسم (الجماعة الإسلامية المقاتلة بليبيا) .. ويضعوا برنامجا للإعداد واستئناف المسيرة الجهادية في بلدهم، على الأفكار والأسس والطريقة التي كانت سائدة آنذاك في أواسط التيار الجهادي والأفغان العرب واستطاعوا أن يستوعبوا معظم المجاهدين الليبيين الذين تواجدوا في ساحة الأفغان العرب.
ساهم المجاهدون الليبيون في فعاليات الجهاد العربي في أفغانستان إلى جانب إخوانهم من البلاد الأخرى بكفاءة. وسرعان ما برز منهم كوادر في مجالات التدريب وفي الجبهات. ثم استقل شباب الجماعة الإسلامية المقاتلة لأنفسهم بمضافات ومعسكر خاص بهم شأنهم في ذلك شأن معظم الجماعات الجهادية العربية القديمة أو الناشئة، ثم بايعوا عليهم أميرا للتنظيم وبدأت تتكون بنيتهم الإدارية كتنظيم جهادي بدأ يأخذ مكانه بين التنظيمات الجهادية العربية المرموقة.
كان المنهج الفكري للجماعة الإسلامية المقاتلة يقوم على أسس الفكر الجهادي السائد، وقد تأثروا بمناهج الجماعة الإسلامية وجماعة الجهاد المصرية، ويمكن اعتبارهم نموذجا من نماذج جماعات