واتفقت بريطانيا والحكومة العميلة لها في مصر سنة (1316 هـ - 1899 م) على حكم السودان حكما ثنائيا رغم احتجاجات الوطنيين المصريين وأخذت بريطانيا في إثارة الصراع بين المصريين والسودانيين لكنها لم تنجح. إذ بعد قيام ثورة سنة (1337 هـ - 1919 م) في مصر قامت ثورة في السودان بزعامة (عبد القادر ود. حبوبة) تطالب بجلاء بريطانيا عن وادي النيل.
وبرغم قضاء بريطانيا على الثورة تصاعدت الحركة الوطنية في السودان. ففي عام (1340 هـ -1922 م) تشكلت جمعية الإتحاد السوداني وجمعية اللواء الأبيض، وأخذتا تعملان سرا لطرد بريطانيا وتحقيق وحدة مصر والسودان.
لكن الحركة الوطنية السودانية ظلت تقاوم الوجود البريطاني، وتشكل حزب الأمة بزعامة المهدي، والحزب الوطني الاتحادي بزعامة الأزهري ليقودا النضال ضد بريطانيا. وبعد قيام ثورة يوليو في مصر سنة (1371 هـ - 1952 م) وعقد اتفاقية الجلاء سنة (1375 هـ - 1956 م) اتفقت مصر وبريطانيا على ترك الخيار للسودانيين لتقرير مصيرهم؛ فاختاروا الإستقلال الذي تم عام (1956 م) وقامت دولة وفق النظام الجمهوري اعترفت بها جامعة الدول العربية وهيئة الأمم المتحدة.